Trình tự thiết kế của một chương trình PLC được thực hiện theo các bước sau đây:
1. Trên cơ sở giản đồ thời gian hay lưu đồ thuật toán dựa theo bài toán công nghệ đã phân tích ở phần 8.2. ta sẽ tiến hành phân chia địa chỉ vào/ra, thiết lập những vùng nhớ dữ liệu để phục vụ cho quá trình xử lý dữ liệu. Liệt kê ra các bộ đếm, bộ định thời cần thiết để sử dụng trong chương trình, các bit, byte… trong vùng những nhớ đặc biệt. Liệt kê các chương trình xử lý ngắt, chương trình con,…
2. Sau đó tiến hành biên dịch từ giản đồ thời gian hay lưu đồ thuật toán sang ngôn ngữ của PLC.
3. Có thể dùng các công tắc và đèn Led hay dùng phần mềm PLCsim cho S7-200 để chạy thử chương trình ở chế độ offline. Trên cơ sở đó sẽ xem xét và đánh giá mức độ tối ưu của chương trình. Chương trình cần phải được viết ngắn gọn, dễ hiểu (nhất là các chương trình xử lý ngắt) và tin cậy, và đặc biệt là cần phải có các chương trình xử lý sự cố phát sinh.